为了适应秘密活动的需要，许多邪教组织还设定了相应的秘密联络暗号。例如，乾隆五十一年(1786年)九月，河南离卦教骨干郝润成供称：“离字教暗号，向人拱手时用左手大指压右手大指，称本姓某。若问是哪一卦人?只说在哪一座灵山走过。答说东方即震卦教，答说南方即是离卦。”嘉庆十八年(1813年)九月，离卦教教首郜添佑交代：  “凡是同教的人，只把食指、中指并着往上指，名为‘剑诀’，以作暗号。无论识面不识面，就知是同教人。”[17]尹老须离卦教则以“在理”二字作联络暗号，“每遇同教之人，彼此问答，均以此作为暗号”。[18]道光五年(1825年)，马俊向山东安邱县刘三道士(刘存信)等传习坎卦教时，也以“在理”二字作联络暗号，同时给上镌“山泉”二字的小铜图章块、墨符一道，“嘱令收藏，为传徒记号”[19]。明天教教主马进忠纠众造反时，教内“编造字号六百余，用纸包好，每人一个，以为暗号”。[20]直隶肖老尤大乘教，以日、月、水、火、兴五字凑拢，“刻成图书，以为暗号”。[21]直隶深泽县等地混元教内，凡教中人见面询问姓名，告知真姓必复问究系何姓。被问者以“无”姓作答，即知系同教“无生老母”之徒。[22]陕西、甘肃悄悄会有“三字合同”，“一系握手为手合同；一系伸舌、卷舌为口合同；一系指心为心合同。凡素不相识之人，见此合同暗号，即是同会，彼此可以默喻，约定不相侵害，故以悄悄为会名”[23]。道光二十七年(1847年)，贵州灯花教首刘仪顺派盖天木到湖北，令刘汉中“创立动、静二门名色，动门以纠党为事，静门以敛钱为事，并定有暗号：纠人为‘办事’，敛钱为‘取水’，动手造反为‘挂牌开张’。其余事务，为‘调办生意大事’”，并令遍谕教中人，此后书信来往，俱照暗号书写，即使当面议事，亦照暗号传说，“俾免泄漏机关”。[24]‘湖北应山县凤凰窝朱升、朱世万家族，五代传习八卦教，并掌管当地乾卦，为诸教之祖，“每寄信与同教人，俱钤盖‘三元堂’及‘天顺’二字图记，其新入教者，俱给洋布一条，上刻‘暗通记号’四字，为教党认识暗号”。[25]等等。

    总之，从组织形式上看，清代邪教是“假神道设教”的秘密结社，它同清代一直采用开山立堂、结盟拜会方式招募群众，建立发展组织的秘密会党不同。尽管它们自称“正教”，以儒教、释教、道教相标榜，但是，这类组织，“实不足以言宗教也”。[26]

    第二，教内组织严密，等级森严。教主实行封建专制统治，神权与教权紧密结合

    清代邪教一般都有以教主为核心的严密组织，教内设有各种名目的教职，等级森严，尊卑有序，教主高高在上，执掌生杀予夺大权，不断神化自己，把自己吹嘘成神或神的化身，实行教主崇拜，教权世袭，封建专制统治，神权和教权乃至族权紧密结合。

    例如，八卦教建有“内安九宫、外立八卦”的组织体系，按八卦派分支系，每卦设卦长一人，或称卦主、卦首、教主。乾、嘉以来，震卦教、离卦教、坎卦教迅速发展成势力庞大、影响深远的三大相对独立的教团。卦长俨然一教主。卦长之下设六爻，每爻设爻长(掌爻)一人，各自收徒。卦长、掌爻由“真人”担任。以下是总流水、流水、点火、全仕、麦仕、秋仕等教职。其中，“秋仕”最低，“来世可以托生秀才”。“麦仕”次低，“是托生举人”。“全仕”职位较高，“是托生进士”。高一级为“点火”，“专营出钱人的姓名单子，用火烧了，使阴司记账，因此叫做点火”。[27]乾隆五十六年(1791年)，震卦教核心骨干刘照魁到新疆配所探视教主王子重。王子重告知，“教内有八等名号，入教后遇有功行，先封‘传仕’，由‘传仕’升为‘全仕