清代邪教一个重要特征，把三教合一、万教归一作为它的思想基础。众所周知，南北朝以来，佛教、道教开始与中国正统儒学融合。宋明理学正是熔儒释道于一炉的新儒学。以力倡三教合一和“识心见性”的内修真功而著称的全真道，就成为宋元以来道教中最有势力和影响的派别。明清时期，特别是清代，经雍正皇帝大力提倡，三教合一形成一股强大的社会思潮，随着佛教、道教的衰落及其世俗化，以“三教合一”、“万教归一”为其思想特征的邪教乘时而起，有其深刻的思想根源。

    清代邪教之所以不断滋生，之所生存发展屡禁不止，最根本的原因，在于清代社会有着产生邪教的温床和土壤。

    历史上的中国一直以农立国，小农业和家庭手工业紧密结合的自给自足的小农业经济占居主导地位，并成为封建社会的经济基础。在传统农业社会中，由于小农经济生产规模狭小，生产工具和设备简陋，抵御天灾人祸袭击的能力很弱，加之小农经济结构又存在竞争与垄断机制，因而农民经常面临贫困破产、饥饿的威胁。每当赋役负担和地租剥削加重，豪强地主、商业高利贷资本疯狂兼并掠夺土地，封建政治统治黑暗腐朽，都会发生周期性的危机和剧烈的社会动荡。在社会动荡的年代，那些在穷困破产中呻吟的小农，渴望解救苦难，精神安慰，以及生活上互济互助。于是，秘密教门结社就应运而生了。清代虽然已经进入封建社会的晚期，但社会经济结构并没有根本变化，它依然是个传统农业社会，存在着滋生邪教的土壤。

    清代“邪教”的大量滋生和广泛蔓延，是乾隆中期以后，现存中国第一历史档案馆收藏的有关“邪教”档案记载的百余个名目，也主要是这个时期的。当时，“康乾盛世”逐渐走向结束，落日的辉煌背后潜伏着危机。政治日趋黑暗，吏治十分腐败。章学诚在总结嘉庆初年五省白莲教大起义原因时就说：自乾隆四十五年以来，讫于嘉庆三年而往，“和坤用事几三十年，上下相蒙，惟事婪赃渎货”，“此辈蠢国殃民”，以致酿成大乱。乾、嘉以来，不但官僚、地主加强了对农民的疯狂掠夺；土地兼并趋势大大加速，而且，随着商品经济的发展，更进一步加速了农村两级分化，大批农民纷纷破产，不断地从传统农业社会抛出来，变成游民，使游民队伍大增。加之乾隆朝以来人口的急剧膨胀，又给传统农业社会造成新的压力，广大劳动群众吃饭穿衣、就业变得更加困难。难怪南巴老林棚民听到“习其教者，有患相救，有难相死，不持一钱，可以周行天下”[143]的宣传，纷纷加入。清代农民生产方式落后，地位低下，他们缺少科学文化知识，愚昧迷信。当他们内心极度空虚、恐惧时，他们最容易被三阳劫变说打动而虔诚地拜倒在教主脚下。他们相信，只有这些弥勒佛转世的教主，才会使他免遭劫难，获得幸福。他们贫病交加，无钱看病吃药，符水治病的骗人把戏，也最容易上钩。山东巡抚琦善说，“乡愚患病，医药无资，误信人言，仅止领香治病者，其情亦可矜原”。[144]即使那些不缺吃穿的愚昧者，在祛病延年、祈福消灾的诱惑下，也无不欣然接受愚弄。清代传统农业社会主体是农民。正是他们这些贫穷、愚昧、备受剥削欺凌的农民，构成了邪教的广阔基础。

    另一方面，18世纪以来，商品经济的迅速发展和繁荣，也同时加剧了清朝统治阶级、阶层的两极分化。朝廷命官，仕宦之家凭借手中权力、大肆搜刮民脂民膏，变得更加富有和声势显赫，生活愈益奢糜。逐渐抬头的庶民地主，往往与商人、高利贷者结为通家。这些“三位一体”的实力之家，或者通过权钱交易的捐纳途径捞得一官半职；或者通过精心培养自己的子弟，在科场激烈竞争中成为幸运儿，得以跻身仕途。他们一朝权在手，便利用政治特权，大肆攫取经济利益、贪污受贿，向缙绅地主转化，有些上升为大官僚大地主，成为清朝封建专制统治的最可靠的阶级基础的一部分。而一般中小地主及其知识分子中的相当部分，生活境况不断下滑，在科场竞争中迭遭挫折，甚至终生被挡在仕途之外。他们本是清朝统治阶级基础的一部分，而今面对兴衰升降荣辱的巨大反差的严酷现实，倍感处世凄凉，郁郁不得志，心态极不平衡。常言说：